Почва часто является рассадником болезней и вредителей. Через почву передаются кила, черная ножка, белая гниль, галловая нематода, стрик, фитофтороз и т. д. При появлении одного из перечисленных заболеваний землю в теплице или парнике нужно заменить, а стеллажи, парубни, рамы и инвентарь продезинфицировать. Зараженную почву из теплицы и парника на участок открытого грунта не выносят. Ее нужно обработать около теплицы или парника хлорной известью (200 г на 1 кв. м земли слоем 20 см), затем сложить в невысокий штабель для промораживания. Летом такую почву перелопачивают и через год-два ее можно использовать вновь.

Почву, зараженную килой, необходимо продезинфицировать хлорной известью, как в первом случае, и отказаться от ее использования под выращивание не только рассады, но и всех культур семейства Крестоцветные (Капустные) в течение 5—6 лет. При слабом заражении почвы килой необходимо соблюдать строгий культурооборот, выращивая растения, не болеющие килой.

Дезинфекция теплиц, стеллажей, парниковых рам, парубней, посевных ящиков, инвентаря, тары значительно снижает повреждение растений болезнями и вредителями. Ее нужно проводить ежегодно. Наиболее удобной и доступной является влажная дезинфекция (обильное опрыскивание) 40%-ным формалином (250 куб. см препарата на 10 л воды) или настоем (в течение 3—4 часов) хлорной извести (400 г на 10 л воды). Во втором случае жидкость осторожно сливают для опрыскивания, а осадок используют для обмазывания стеллажей и деревянных частей парника. Если в теплицах или в парниках был паутинный клещ, количество хлорной извести увеличивают (1 кг на 10 л воды).