Основной функцией плодового тела как органа воспроизведения грибов является формирование многочисленных зародышей, называемых спорами и служащих для сохранения и дальнейшего распространения грибов в природе. Споры состоят из одной или нескольких клеток величиной 3—20 мкм. В отдельности они не видны невооруженным глазом. Их можно обнаружить, например, в виде белого налета на субстрате, располагающегося под шляпкой зрелого плодового тела.

Форма, величина и орнаментация спор постоянны у каждого вида и служат его важным признаком. Плодовые тела выбрасывают споры лишь по достижении биологической зрелости, причем это происходит в сравнительно короткий промежуток времени. Каждое плодовое тело образует огромное количество спор — десятки и даже сотни миллионов. Подсчитано, что плодовое тело шампиньона обыкновенного средних размеров за день продуцирует более 110—120 млн. спор, дождевика гигантского — свыше 7 млрд.

Благодаря микроскопическим размерам споры легко переносятся воздушными течениями на большие расстояния (несколько тысяч километров). Однако, несмотря на это, каждый вид гриба обитает лишь в определенных условиях и заселяет только пригодный для своего развития субстрат. Жизнеспособная спора, попав в соответствующую среду, при благоприятных условиях (определенные температура, влажность, кислотность субстрата) прорастает и образует первичный мицелий, состоящий у большинства съедобных грибов из клеток с одним ядром. Он сам по себе не способен формировать плодовые тела. Они появляются лишь после того, как два первичных мицелия с генетически разными ядрами (обозначаются символами «+» и «—») сливаются и образуют двуядерную грибницу, или вторичный мицелий. (Последний можно видеть в природе, если снять верхний слой гумуса в местах плодоношения гриба.) Он постепенно разрастается, осваивает питательный субстрат и затем начинает формировать плодовые тела и споры.

При искусственном выращивании съедобных грибов споры как семенной материал используются только в определенных целях (при выделении чистых культур, в селекционной работе и др.). Съедобные грибы размножают преимущественно вегетативным способом. В прежние времена отбирали кусочки субстрата с жизнеспособным мицелием и переносили их в другое место, где условия благоприятны для роста и развития мицелия. Наиболее совершенной формой вегетативного размножения съедобных грибов является получение стерильного маточного мицелия и выращивание его по специальной методике на определенных субстратах. Она позволяет выращивать разные штаммы съедобных грибов, различающихся по урожайности, качеству плодовых тел и другим хозяйственно ценным признакам.